Sejarah lahirnya Perkumpulan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (PPMPI) Indonesia tidak bisa dilepaskan dari Forum Komunikasi Jurusan Kependidikan Islam (FKJKI). FKJKI diprakarsai oleh Jurusan Kependidikan Islam IAIN Walisongo Semarang pada 28 April 2013 dengan beberapa jurusan KI dari PTKI yang lain dan menghasilkan Deklarasi Walisongo. Salah satu point penting dari Deklarasi tersebut adalah Jurusan KI membentuk perhimpunan dengan nama Forum Komunikasi Jurusan Kependidikan Islam (FKJKI). Nama FKJKI ini digunakan mengingat sebagian besar Jurusan Manajemen Pendidikan Islam (MKPI) pada waktu itu masih menggunakan nama Kependidikan Islam (KI) yang izin pembukaannya dimulai sejak 1995.

Sebagai tindak lanjut dari pembentukan dan program kerja Forum Komunikasi Jurusan Kependidikan Islam (FKJKI) di Semarang maka diadakan Temu Jurusan KI – MPI se- Indonesia dan Semiloka di Hotel Puri Khatulistiwa Bandung pada 23 -25 Mei 2014 yang diprakarsai oleh Jurusan MPI Fakultas Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Gunung Djati Bandung. Salah satu point penting dari pertemuan di Bandung tersebut adalah mempertemukan Jurusan KI dan Jurusan MPI dalam satu wadah forum dengan nama Forum Komunikasi Jurusan Kependidikan Islam/Manajemen Pendidikan Islam (FKJKI/MPI). Dengan menggabungkan dalam satu Forum mengingat sebagian Jurusan KI yang sudah ada dan yang baru dibuka menggunakan nama Jurusan Manajemen Pendidikan Islam.

Bahwa merujuk pada Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia No 36 Tahun 2009 tanggal 19 November 2009 tentang Penetapan dan Pembidangan Ilmu dan Gelar Akademik di Lingkungan Perguruan Tinggi Agama serta SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 1429 Tahun 2012 tanggal 31 Agustus 2012 tentang Penataan Program Studi di Perguruan Tinggi Agama Islam,  yang salah satu pointnya perubahan Jurusan KI diganti dengan Prodi Manajemen Pendidikan Islam (MPI). Berdasarkan dua peraturan tersebut, maka pada Temu Nasional dan Semiloka ke-3 di Grand Hotel Jambi yang diprakarsai oleh Jurusan MPI FITK IAIN Sulthan Thaha Saifuddin Jambi, maka disepakati nama forum Jurusan ini menjadi Forum Komunikasi Jurusan Manajemen Pendidikan Islam [FKJMPI]. Dalam Forum ke-3 ini pula disepakati bahwa FKJMPI merupakan forum utama dan pertama yang akan melopori lahirnya konsorsium,  ikatan, asosiasi, atau perkumpulan nama lain yang terkait dengan program pengembangan Jurusan Manajemen Pendidikan Islam di lingkungan Perguruan Tinggi Keagaman Islam (PTKI) yang berstatus negeri maupun swasta.

Pada forum FKJMPI ke-4 di UIN Alaudin Makasar pada tanggal 29-31 Juli 2016 dengan tema “Mengembangkan Kurikulum MPI berbasis SNPT ber-KKNI untuk Menghasilkan Lulusan yang Berdaya Saing Tinggi” kerjasama Forum Komunikasi Jurusan KI/MPI Se-PTKIN/PTKIS dengan Jurusan MPI FTK UIN Alaudin Makasar” telah disepakati kurikulum Prodi MPI mengacu Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia [KKNI] dan Standar Nasional Perguruan Tinggi [SNPT] yang diberlakukan oleh prodi MPI-MPI se-Indonesia.

Pada forum FKJMPI ke-5 di UIN ar-Raniry Banda Aceh dengan tema “Penguatan Peran Mahasiswa dan Alumni Jurusan KI/MPI di Level Nasional dan Internasional” sebagai ajang penguatan alumni MPI agar mendapatkan pengakuan dari pemerintah. Dalam forum tersebut juga dipilih ketua FKJMPI untuk periode 2017-2019, dan terpilihlah Dr. Sri Rahmi, M.A [UIN Ar-Raniry Banda Aceh] mengganti Dr. Hasyim Asy’ari [UIN Syarif Hidayatullah Jakarta]. Dalam forum ini juga dibentuk kepengurusan baru dan melakukan proses pendaftaran forum FKJMPI ke Kementerian Hukum dan HAM agar mendapatkan legalitas sebagai asosiasi keilmuan bidang Manajemen Pendidikan Islam [MPI]. Proses ini menghasilkan pengesahan pendirian badan hukum Perkumpulan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam tertanggal 15 September 2017. Atas dasar ini, FKJMPI berubah menjadi Perkumpulan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam [PPMPI]. Untuk memperkuat peran, fungsi, dan program kerja Perkumpulan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam [PPMPI] ini maka disusun Anggaran Dasar PPMPI.